Sejak zaman Belanda, telah ada umat Katolik yang menetap di wilayah Oetona, Airnona, Naikoten, Kuanino dan Bakunase. Mereka umumnya adalah para perantau dari Flores, Waiwerang, Sabu, Kefamenanu dan Belu . Mereka adalah bagian dari umat Stasi Bonipoi Koepang yang kemudian menjadi Paroki Kristoes Radja Semesta Alam Bonipoi Koepang, Diosis Atamboea Timor.
Saat itu setiap hari hari minggu pagi, mereka secara bersama melewati jalan setapak dan berbatu karang, melewati kebun dan padang ilalang menuju Gereja di Kebun Radja di Bonipoi untuk mengikuti misa hari minggu.
Secara berturut-turut mereka dilayani oleh P. Heinrich M Schroder, SVD (1934-1946), P. J.Kersten, SVD (46-58), P. V.Lechovicc, SVD (58-59), P. Daniel Siga, SVD (59-61), P. John Nelissen, SVD (1961-1967), termasuk beberapa pastor rekan seperti : P. Konijn, SVD, P. P.N.Visser, SVD, P.Prof.DR. Van Dormal, SVD, P. Jan Verschuuren, SVD.
Tanggal 1 Desember 1938, Stasi Kupang ditingkatkan menjadi Paroki Bonipoi Kupang dengan Pelindungnya Kristus Raja Semesta Alam. Pastor pertamanya seorang Misonaris SVD dari Jerman P. Heinrich M. Schroder , SVD dengan wilayah pelayanan mencakup Kupang, TTS, Rote dan Sabu.
Pada tahun 1947, karena Pastoran yang juga berfungsi sebagai gereja, rusak parah akibat di bom oleh tentara sekutu, maka Pastor Paroki , P.J.Kersten,SVD, memindahkan pusat ibadat ke Airnona. Lokasinya sekitar 100 m arah barat Kolam Airnona. Misa berlangsung disebuah rumah yang dilakika secara bergantian dengan ibadat umat Protestan
Sementara itu umat dan pastor berusaha membangun gereja darurat di Bakunase (letaknya di Puskemas Bakunase sekarang). Setelah gereja selesai maka P.J.Kersten,SVD pindah ke Bakunase. Umat pada masa itu hanya sekitar duapuluhan orang.
Ketika keadaan sudah aman dan perang dunia II sudah berakhir atas permintaan umat pusat Paroki kembali ke Bonipoi.
Pada tahun 1958 dengan UU No.64 Tahun 1958 dan diundangkan tanggal 14 Agustus 1958, Pemerintah Pusat mengeluarkan Keputusan Pemekaran Daerah Swatantra Tingkat I Nusa Tenggara atas Daerah Swatantra Tingkat I Bali, NTB dan NTT . Kupang ditetapkan sebagai Pusat Pemerintahan Daerah Swatantra Tingkat I NTT.
Berdasarkan keputusan Pemerintah Pusat, maka dari Ibu Kota Flores, Ende, Kepala Daerah Flores Bpk. Lodovikus Emanuel Monteiro (Kepala Daerah Flores 1952-1959) memindahkan sekelompok pegawai ke Kupang untuk mempersiapkan berdirinya Daerah Swatantra Tingkat I Nusa Tenggara Timur. Mereka diterima oleh tokoh umat katolik Kupang, pegawai senior sekaligus tokoh pejuang berdirinya Daerah Swatantra Tingkat I NTT Bapak Piet A.S. Parera Fernandez.
Para pegawai dari Ende, setelah tiba di Kupang, berdomisili di Rumah Dinas Pegawai Daerah Swatantra Tingkat I NTT di Tingkat I.
Atas pertimbangan dan usul Bpk.P.A.S Parera Fernandez, Thomas Radjalewa, Yohanes Bentanone (Pegawai Swapraja Kupang/Merangkap sebagai Kepala kampung Flores,waiwerang dan Solor), Pastor Paroki Bonipoi Kupang menyetujui untuk merayakan misa hari minggu di Tingkat I.
Misa ditingkat satu dilakukan secara begilir di rumah Bpk.Frans Sales Lega, Bpk.Parera Didoek dan Bpk. Lambert Kape. Umat yang hadir datang dari Tingkat I, Amnesi, Oetona, Airnona, Oepura dan Kuanino.
Dalam kurun waktu sekitar 10 tahun pelayanan umat dilakukan oleh P. V.Lechovicc, SVD, P. Daniel Siga, SVD, P. John Nelissen, SVD , P.Prof.DR. Van Dormal, SVD dan RP. Jan Verschuuren, SVD.
Tahun 1964, Sr.Claverita,SSpS mendirikan TKK dan membangun sebuah bangunan di lokasi yang saat ini menjadi Marga PMKRI Kupang.
Karena perkembangan umat yang cukup pesat, maka kemudian tempat Misa Mingguan dipindahkan ke bangunan sekolah TKK milik Susteran SSpS.
13 April 1967 Keuskupan Kupang didirikan dan P. Gregorius Monteriro, SVD, Rektor Seminari Pius XII Kisol Manggarai diangkat menjadi Uskup Kupang.
Beliau ditahbiskan pada tanggal 15 Agustus 1967 dengan moto pelayanan “Opus Justitiae Pax” Buah keadilan adalah perdamaian, dan menetapkan Gereja Kristus Raja Bonipoi Kupang sebagai Gereja Katedral untuk Keuskupan Kupang.
Pada tahun 1968 Uskup Gregorius Monteiro menetapkan berdirinya Paroki St.Yoseph Naikoten II Kupang sebagai pemekaran dari Paroki Kristus Raja Kupang, dengan Tanggal berdiri 31 Oktober 1968.
St.Yoseph Suami Maria, dengan lambang St.Yoseph yang memegang bunga bakung, yang pestanya dirayakan setiap tanggal 19 Maret, dipilih menjadi pelindung Paroki baru ini.
Bersamaan dengan peningkatan status dari Stasi menjadi Paroki St.Yoseph Naikoten II Kupang pada tahun 1968 maka P. Nelissen, SVD ditunjuk sebagai pastor perintis untuk melayani sementara waktu sambil menanti pastor Paroki yang difinitif.
Karena tidak adanya rumah Pastoran maka P. Nelissen,SVD tetap menetap di Paroki Katedral Kristus Raja Kupang.
Luas wilayah Paroki St.Yoseph Naikoten Kupang pada saat itu mencakup wilayah yang saat ini adalah Paroki Maria Assumpta, Paroki St. Petrus Rasul TDM, St Mahtias Tofa, Sta. Familia Sikumana, St. Fransiskus Asisi BTN Kolhua di Kota Kupang ditambah Kecamatan Kupang Barat dan kecamatan Kupang Tengah Kabupaten Kupang sebelum dimekarkan (keadaan tahun 1985) dengan Stasi terjauh adalah Stasi Tasikona Oepaha di pantai laut selatan.
Pada tahun 1969, Paroki St.Yoseph Naikoten Kupang mendapatkan seorang Pastor Paroki definitif, P. Ande Matutina,SVD.
Beliau berdiam di sebuah bangunan sederhana sebagai pastoran di belakang Kapela bangunan sekolah TKK milik SSpS.
Tahun 1970 P. Ande Matutina,SVD diganti oleh P.Herman Keizer, SVD, seorang imam misionaris muda berkebangsaan Austria.Tempat ibadat kemudian berpindah ke lokasi tanah gereja yang saat ini menjadi SDK dan SMPK ST.Yoseph ; Dari sana misa harian dan hari minggu dipindahkan untuk sementara waktu ke bangunan sayap Pastoran yang baru selesai dibangun, sisi timur, agak kedepan dari bangunan gereja sekarang.
Upaya mendirikan sebuah gedung gereja yang permanen kemudian dimulai. Majelis Paroki membentuk Panitia Pembangunan gereja yang diketuai oleh Bpk. Yan Kia Poli.
Peletakan batu pertama dilakukan pada tanggal 15 agustus 1974, setelah misa pagi HR.Maria diangkat ke Surga, oleh Gubernur NTT El Tari dan dihadiri Uskup Kupang Mgr.Gregorius Monteiro.
Pada malam Natal tanggal 24 Desember 1976, untuk pertamakalinya Gereja Paroki St.Yoseph naikoten Kupang yang setengah jadi digunakan untuk merayakan misa kudus. Pengerjaan untuk menyelesaikan pembangunan gereja terus dilakukan sampai selesai seluruhnya pada tahun 1978.
Pada tahun 1974 seiring perkembangan kehidupan gereja akibat gairah konsili Vatikan II, bersama gerakan kaum muda katolik se Indonesia, kaum muda Paroki St.Yoseph Naikoten Kupang ikut mendirikan kelompok Muda-Mudi Katolik yang disingkat MUDIKA dengan ketua pertamanya Sdr. Fidelis Pranda guru pada SMEA Swastisari.
Karena alasan bahwa diperlukannya keterwakilan kaum muda gereja di Komite Nasional Pemuda Indonesia/KNPI NTT maka Mudika Naikoten diberi nama Pemuda Paroki St.Yoseph Naikoten Kupang, dan menjadi perwakilan resmi kaum muda katolik NTT di KNPI NTT.
Dengan perkembangan Propinsi NTT dan Undana maka kehadiran ribuan PNS dan Mahasiswa menjadi ciri khas Paroki St.Yoseph Naikoten Kupang .
Dewan Paroki kemudian melakukan reorganisasi besar-besaran atas KUB, Stasi dan Wilayah khususnya di kota Kupang untuk melayani kehadiran umat yang sangat padat.
Kebutuhan akan kehadiran sebuah Paduan Suara sebagai bagian dari pelayanan liturgis membuat P.Herman Keizer meminta agar Fr.Apoly Bala yang sedang melakukan TOP di Katedral pada tahun 1970, dipindahkan ke Paroki St.Yoseph Naikoten Kupang pada tahun 1971, tahun kedua masa TOP beliau. Sejak tahun 1971, P.Herman terus mendorong untuk membentuk sebuah Paduan Suara Paroki . Fr. Apoly Bala kemudian mengundurkan diri dari SVD, dan mengajar di SMPK St.Yoseph Naikoten Kupang sambil kuliah di FKIP Undana.
Beliau adalah komposer lagu yang sering membawa beberapa paduan suara untuk berlomba di tingkat Nasional di Jakarta, antara lain Paduan Suara SMPK St.Yoseph Naikoten Kupang dan Kor Cendana Wangi milik ibu-ibu Dharma Wanita NTT.
Tahun 1976, diumumkan pembukaan pendaftaran anggota Paduan Suara Paroki .
Tahun 1977, Panitia Pesta Perak P.Daniel Siga,SVD, memutuskan membentuk kor gabungan untuk perayaan misa puncak. Maka nama-nama yang sudah mendaftarkan diri dipanggil untuk bergabung dengan kor gabungan.
Misa pesta perak P.Daniel Siga dilaksanakan pada tanggal 28 Oktober 1977 di Gereja Paroki St.Yoseph Naikoten Kupang. Saat itulah untuk pertamakalinya digunakan tempat kor disamping altar yang baru selesai dibangun.
Setelah pesta perak P.Daniel Siga,SVD, peminat semakin banyak, sehingga paduan suara tanpa nama ini dipercayakan untuk tampil di malam Natal 24 Desember 1977.
Karena sukses tampil di malam Natal tahun 1977, maka pada suatu hari Minggu dibulan Januari 1978, Pater Herman mengundang Rapat untuk mencari nama dan membentuk badan pengurus kor. Minggu 29 Januari 1978 Kor Sekarsari diresmikan dengan Tanggal berdiri ditetapkan tanggal 28 Oktober 1977.
Rapat sengaja memilih nama yang cukup netral dan tidak terlalu kental warna katoliknya sesuai kondisi sosial politik pada waktu itu.
Meninggalnya Bapak El tari, Gubernur NTT dan terpilihnya Bpk.Ben Mboi sebagai Gubernur NTT menyebabkan Paroki St.Yoseph Naikoten Kupang menjadi Parokinya “Gubernur NTT”. Banyak PNS Kantor Gubernur terlibat aktif dalam kegiatan Paroki .
Di bidang Pendidikan, disamping SDK dan SMPK St.Yoseph, berdiri juga beberapa sekolah lanjutan seperti SMEA Swastisari, SMP-SMA Santi Karya, Kursus Menjahit, kursus Mengetik, kursus Bahasa Inggris,dll.
Sementara itu untuk pembinaan iman umat, Pastor paroki dibantu oleh dua orang Katekis yaitu Bpk.Hermanus Dhae dan Bpk.Eman Seran; Dengan pembagian wilayah kerja : Bpk.Eman Seran melayani pembinaan iman dan pelayanan liturgi sabda bagi umat di stasi-stasi luar kota Kupang dan Bpk.Herman Dhae untuk stasi-stasi dalam kota kupang.
Tahun 1980 berakhir dengan peristiwa P. Herman Keizer, SVD meninggalkan Paroki St.Yoseph Naikoten Kupang pindah ke Camplong dan digantikan oleh Rm.Daniel J Afoan,Pr.
Rm. Daniel Afoan, adalah pastor yang sangat mementingan partisipasi umat. Pada masanya ia mendorong semaksimal mungkin keterlibatan umat sejak saat perencanaan sampai pada tahap pelaksanaan program. Keuangan ia serahkan kepada DPP untuk mengelolanya secara profesional. Pada akhir tahun akan dilaporkan secara terperinci dalam Raker Pleno Dewan Paroki. Kehidupan Paroki sangat dinamis pada masanya.
Tahun 1981 secara mendadak Rm. Daniel Afoan, Pr. diberi kesempatan studi selama beberapa bulan di Italia. Jabatan Pastor Paroki diserahkan kepada P. Stef Mithe, SVD.
Pada tanggal 29 Juni 1982 Uskup Kupang Gregorius Montero mengeluarkan Surat Keputusan Uskup Kupang No. D.I.I./38/VI/82 yang menetapkan terhitung mulai tanggal 1 Juli 1982, Paroki St.Yoseph Naikoten Kupang Kupang, dinyatakan sebagai Paroki Berdikari.
Yang dimaksud dengan Paroki Berdikari adalah sebuah Paroki yang secara Iman, Personil dan Material telah sanggup untuk mencukupi dirinya sendiri dan berdiri sendiri untuk mengelola kegiatan Pastoralnya.
Setelah melalui berbagai upaya akhirnya kehidupan sebagai Paroki berdikari mulai berjalan normal dan terasa hasilnya.
Satu hal yang paling menonjol adalah pengkaderan Kaum Muda.
Anggota Pemuda Paroki pada saat itu adalah juga aktivis di organisasi PMKRI, Api Renha, MKS dan berbagai Organisasi Kemahasiswaan Kedaerahan yang dibentuk atas gagasan Bpk.Kanis Pari.
Beliau atas permintaan pribadi Uskup Gregorius Monteiro melakukan tugas pembinaan bagi seluruh Organisasi Kaum Muda Katolik di Kota Kupang. Hubungan antara Mgr.Gregorius Monteiro dan Bung Kanis Pari, telah terjalin jauh sebelumnya ketika mereka berdua sama-sama berada di Kisol Manggarai.
Beliau adalah seorang orator idola kaum muda Kupang saat itu, mantan Ketua Komisariat Daerah Partai Katolik NTT; Ketua Partai Demokrasi Indonesia DPD NTT dan Anggota DPRD Provinsi NTT.
Beliau berhasil menggairahkan semangat kaum muda untuk terjun dalam kegiatan organisasi kepemudaan, dan pada era 80an benar-benar mencapai masa keemasan. Masa Penerimaan Anggota Baru/MPAB, LKTD, LKTM, LKTA, Public speaking, RUA, dll, di berbagai organisasi menjadi cerita yang menarik perhatian sehari-hari dari kaum muda Katolik yang sibuk mengikuti jenjang latihan kepemimpinan di berbagai organiasasi.
Jabatan-jabatan organisasi diperebutkan dalam persaingan demokratis yang sangat ketat.
Tahun 1979 diadakan Leadership Training Course di Camplong untuk berbagai kader organisasi kepemudaan katolik yang ada di Kota Kupang (PMKRI, Muda Katolik Sumba/MKS, Mahasiswa Diosis Agung Ende (Mediosa), Ikanada, Permapsi, BKC, Kotib belu, Bible Discussion Club, Pemuda Paroki , Api Reinha,dll) yang kemudian dikenal dengan istilah Santiaji Camplong.
Pihak keuskupan secara konsisten mendukung kegiatan pembinaan kaum muda, dengan pelayanan liturgi. Misa Mahasiwa sebulan sekali diadakan di Unwira yang pelaksanaannya diumumkan melalui mimbar gereja setiap bulan. Di Paroki St.Yoseph Naikoten Kupang, diadakan misa kaum muda pada setiap hari minggu sore.
Anggota Pemuda Paroki dan berbagai Organisasi Kepemudaan yang ada itu sangat aktif dalam menggerakan kehidupan di KUB sebagai Badan Pengurus Kelompok. Kehidupan Paroki terasa sekali sangat dinamis.
Dewan Paroki secara bertahap dan berjenjang pun melibatkan kaum muda sebagai tulang punggung dalam berbagai kepanitiaan dan kegiatan Paroki .
Para kaum muda dibina dan dilatih untuk bekerja dalam struktur kerja yang terencana dan terhubung dengan para pengurus DPP yang rata-rata adalah Pejabat Pemerintah Provinsi NTT.
Setelah terlihat matang maka akan mulai dilibatkan sebagai anggota seksi dalam Kepengurusan Dewan Pastoral Paroki . Akhirnya setelah benar-benar berpengalaman mereka dipilih untuk menjabat sebagai ketua seksi atau Pengurus Inti Dewan Paroki . Dengan cara pengkaderan seperti ini maka Dewan Paroki selalu memiliki anggota Dewan Pastoral yang sangat terlatih, paham program kerja Dewan Paroki dan mampu mengembangkannya.
Dalam upaya mendukung ekonomi umat dalam Paroki mandiri, maka Dewan Paroki dan Pastor Paroki pada tahun 1983 membentuk sebuah koperasi kredit yang diberi nama Caritas dan disingkat Kopdit Caritas.
Wilayah kerja Kopdit Caritas meliputi Kecamatan Kupang selatan, Kupang Tengah dan Kupang Barat Kabupaten Kupang.
Antusiasme umat dalam menyambut koperasi ini sangat tinggi dan dalam waktu yang sangat singkat Kopdit Caritas masuk dalam jajaran kelompok koperasi yang terbesar di kota Kupang bahkan sedaratan Timor.
Pertambahan jumlah umat dan luasnya wilayah Paroki membuat pelayanan umat semakin berat. Pemekaran Paroki St.Yoseph Naikoten Kupang mulai direncakanan dengan matang.
Tanggal 26 Desember 1986 wilayah Sikumana, Kolohua, Haukoto dan Stasi-Stasi yang terdapat di Kecamatan Kupang Tengah dan Kupang Barat Kabupaten Kupang dipisahkan menjadi satu Paroki baru dengan nama Paroki Sancta Familia Sikumana.
Tanggal 1 Januari 1987, dikeluarkan SK Pastor Paroki St.Yoseph Naikoten Kupang dengan pengesahkan Uskup Kupang tentang pembentukan Panitia Persiapan Paroki Oepoi Kupang (P3OK).
Uskup Kupang kemudian mengeluarkan SK tertanggal 13 Pebruari 1989 tentang berdirinya Paroki St.Maria Assumpta Oepoi Kupang.
Paroki St.Yoseph Naikoten Kupang kemudian “menyerahkan” Stasi Batakte untuk bergabung dengan Paroki baru hasil pemekaran Paroki Katedral Kristus Raja Kupang, yaitu Paroki St.Gregorius Agung Oeleta yang berdiri pada tanggal 31 Agustus 2007.
Pada dekade 80an ini cukup banyak paduan suara yang bertumbuh.
Ribuan Mahasiswa Undana, Unwira, APDN, ATK dan AMK yang mendiami wilayah Paroki St.Yoseph Naikoten Kupang membuat banyak Paduan suara KUB berkembang dengan baik. Beberapa Kor lepas seperti Nirmala, Vox Angelorum dan Hymnus Angelicus, kor Angelica bertumbuh dengan kuat dan ikut menyemarakan liturgi mingguan gereja st.Yoseph Naikoten Kupang.
Tahun 1988-1989, kampus Undana mulai dipindahkan ke Penfui. Sejalan dengan itu, jumlah mahasiswa yang menetap di wilayah Naikoten juga berkurang secara drastis. Predikat Paroki Mahasiswa dengan cepat hilang dan paduan suara KUB mulai menurun.
Dalam kurun waktu tahun 1988-1990 terjadi beberapa kali pergantian Pastor Paroki .
Tahun 1988 pergantian dari Rm. Daniel Amfoan,Pr ke Pastor Koordinator Rm. Ande Kabelen,Pr. Tahun 1989 dari Rm.Ande Kabelen,Pr ke P. Yohanes Pfeffer, SVD dan tahun 1990 dari P.Yohanes Pfeffer, SVD ke P. Blasius Fernandez, SVD.
Dalam masa P. Blasius Fernandes tercatat tiga organisasi masuk ke Keuskupan Agung Kupang melalui Paroki Santo Yoseph Naikoten Kupang, yaitu Kharismatik, THS-THM dan Gerakan Imam Maria.
Beliau membangun Aula baru dan Taman Doa Maria Immaculata, yang merupakan taman doa yang pertama di NTT
Sekitar bulan Juni – Agustus 1993 Ordo Carmelitarum Discalceatorum/OCD, pindah dari Maumere ke Naikoten.
Akibat gempa di Maumere Desember 1992 yang memporakporandakan gedung Seminari Tinggi Ledalero, mereka memilih untuk mengungsi ke Kupang dan mengikuti kuliah di seminari tinggi St.Mikael Kupang.
Mereka didampingi dua imam dari India, P.John de Britto.OCD dan P.Yoseph Maruntika,OCD.
Beberapa Tahun kemudian mereka pindah ke Biara mereka di Penfui Kupang.
September 1995, P.Blasius, SVD diganti oleh Rm. Arnold Bria,Pr, lalu secara berturut-turut berganti ke P.Yulius Bere, SVD (1999), RD Domi Faot (2003) RP Sbast Wajang,SVD (2008), P Dagobertus Sota Ringgi (2016) dan akhirnya RD Jhon Rusae, sampai pada hari ini.
Pada masa RD Domi Faot, tanggal 31 Oktober 2007 Pkl.16.00 wita, Uskup Agung Kupang, Mgr. Petrus Turang mentahbiskan Gereja Paroki St.Yoseph Naikoten Kupang.
Pada masa P. Sbast Wajang, didirikan sebuah koperasi kredit dengan nama Koperasi kredit Santo Yoseph Naikoten atau yang disingkat SANYONA.
Pada masa P. Dagobertus Sota Ringgi,SVD, Paroki St.Yoseph Naikoten Kupang memasuki usia emas.
Acara Pesta Emas Paroki St.Yoseph Naikoten Kupang dilaksanakan pada tanggal 31 Oktober 2018 Pkl.16.30. Diawali oleh misa syukur sebagai Puncak Perayaan Pesta Emas Paroki yang digabungkan dengan misa Krisma dan Penutupan Bulan Rosario. Misa dipimpin oleh Uskup Agung Kupang Mgr. Petrus Turang dengan iringan Kor Gabungan pimpinan Bpk.Apoly Bala. Misa berlangsung hampir 2,5 jam dan baru selesai sekitar Pkl. 19.00 dan dilanjutkan dengan resepsi dan pesta umat.
Tahun Emas Paroki Santo Yoseph Naikoten Kupang diakhiri secara indah dengan Penyerahan sumbangan pembangunan Sonaf kepada Perwakilan Keluarga Oematan (Tuan Tanah yang menyerahkan tanah mereka kepada pihak Gereja Katolik sebagai hadiah pada Tahun 1966), untuk memenuhi janji Mgr. Geregorius Monteiro, kepada Keluarga Oematan pada Tahun 1970.
Pastor Paroki (Pastor Rekan)
*RP John Nelissen, SVD, (1968-1969) Pastor yang melayani sementara waktu, tinggal di Katedral
1. RP Ande Matutina, SVD 1969-1970
2. RP Herman Keizer, SVD 1970-1980 ( RP Pit Manehat, SVD, RD Pit Kelu, RP Dan Siga, SVD)
3. RD Daniel J Amfoan, 1980-1981 (RP Yustinus Teguh Wona,SVD)
4. RP Stef Mithe, SVD 1982
5. RD Daniel J Amfoan, 1982-1988 (RD Videntus Atawolo)
6. RD Ande Kabelen, 1989 / Pastor Koordinator (RD Videntus Atawolo, RP Yohanes Pfeffer, SVD)
7. RP Yohanes Pfeffer, SVD 1989-1990 (RD Yoseph Metkono)
8. RP Blasius Fernandez, SVD, 1991-1995 (RP Pfeffer, SVD, RP Feliks Kosad, SVD)
9. RD Arnold Bria, 1995-1998 (RP Feliks Kosad, SVD, RD Kornelis Usboko)
10. RD Kornelis Usboko/Pastor Sementara (1998-1999)
10. RP Yulius Bere, SVD (RP Marianus Petu,SVD) 1999-2003
11. RD Dominikus Faot, 2004-2007 (RD Primus Tjung Lake, RD Adrianus Dimu, RD Tony Duka, RD Yono, RD John Russae)
12. RP Sbast Wajang,SVD, 2008-2017 (RD Kayetanus Un, RD Yanuar Kado, RD Andre Lanus, RD Jefry Nome)
13. RP Dagobertus Sota Ringgi,SVD (RD Andre J. Alo RD Amandus Ninu, RD Yohanes Kartiba ) 2017-2022
14. RD Yohanes Rusae (Rm.Andre J. Alo, RD Amandus Ninu, RD Yohanes Kartiba, RD. Robin Hendrikus Klau De Canossa Lopes)
● Sejarah Singkat ini adalah ringkasan dari hasil wawancara dengan para tokoh umat perdana pada tahun 1992 dan 2018, dilengkapi beberapa catatan dari dokumen Paroki Katedral dan St. Yoseph Naikoten Kupang.